獅子堂島にたどり着いた秋葉達は、ブレインコロニー開発者のフォンと出会う。宇宙へ帰る方法を尋ねるが、現状では不可能だとの事。島で救難ビーコンを拾われるのを待つことになった。その間にいつきはフォンからテラ・アブダクションに関する情報を聞き出そうとする。そしてフォンからネルヴァルが構造物としての欲求から、自分の中に人を住まわせようとしていることを知る。その時、警戒警報のアラート音が鳴り響いた。
脚本:樋口達人／コンテ:京極尚彦／演出:京極尚彦／作画監督:稲吉朝子
激しい戦いの結果、秋葉達は地球へ不時着していた。仲間とはぐれ途方に暮れる秋葉とイモちゃん……。すると突然そこにレオパルドが転げ落ちてきた。一行はそのまま川へと転落し流されてしまう。流された先で秋葉はいつきやほのか達と運良く合流。壊れたＱＴアームズを修理するため、カークウッド地球領事館を目指す事になる。ようやく目的地へたどり着くと、そこにあったのは朽ち果てたドーム都市だった。
脚本:森田 繁／コンテ:竹内浩志／演出:宅野誠起／作画監督（キャラ・メカ）:竹内浩志･川原智弘
レオパルドと秋葉に自分たちの存在を忘れられていたベンケイとつつじは怒り心頭。自己実現のためベンケイはレオパルドに襲いかかる。火花を散らしコロニー同士の対決が繰り広げられるが、レオパルドはベンケイの放った大技により、巨大な箱空間に閉じこめられてしまった。徐々にエネルギーを奪われていく危機的状況のレオパルドは、最後のエネルギーを振り絞ったレオパルドキャノンの一撃に勝負を掛ける。
脚本:樋口達人／コンテ:須永 司／演出:渡邊哲哉／作画監督（キャラ・メカ）:椛島洋介･大塚 健
監視カメラの映像により、ミラーを奪う巨大な構造物とアレイダの関係を突き止め事件解決の協力を申し出る秋葉だが、風音に学校へ行くよう促されてしまう。しかし、自分にも何かできることはないかと考えた秋葉は、ほのかとイモちゃんと共にレオパルドの元へと向かった。一人だけ事情を知らないナミは風音に説明をもとめるが、風音から冷たくつきはなされ、家を出ることを決意する。一方、何者かの陰謀によりミラー泥棒の犯人に仕立てられたレオパルドは、怒り心頭。秋葉とレオパルドは協力し、アレイダとハコちゃん、そして巨大な構造物を追うことになる。
脚本:岡田邦彦･樋口達人／コンテ:須永 司／演出:秋田谷典昭／作画監督（キャラ・メカ）:西澤真也･市川敬三
獅子堂家に宛てた巨大な箱が発見される。その箱の前面には、『エニグマ』の情報と引き替えに亡命を希望する、との表示が。どうやら箱の中には人間が入っているようだが、かたくなに外に出ることを拒否している。一旦は、その箱を学校まで運び廊下に置いておくことにしたが、お掃除ロボがゴミと間違えて回収してしまうのだった。箱が消えたことに気がついた秋葉は箱の捜索を開始する。そして間一髪、廃棄用の穴に捨てられそうになっていたところを助けだすのだったが……。
脚本:樋口達人／コンテ:須永 司／演出:田辺泰裕／作画監督:竹森由加・大杉尚広
子供たちを救うため、かつて自分を追放した場所へと戻ることを決意するいつき。一方、秋葉は姉妹たちの復讐を心に誓う……。 何者かの筋書きにより、やがて秋葉といつきの運命は真っ向から激突する事となった。QTの力を使ってでも復讐を果たそうとした秋葉に対し、いつきの想いは砕け散る。しかし、倒れたいつきにとどめをさすことなく、秋葉はほのかと共にその場から立ち去る……。
脚本:樋口達人／コンテ:京極尚彦／演出:京極尚彦／作画監督:藤井智之
レオパルド内部に湧いている温泉に入浴しくつろいでいる一行。秋葉が事件のいきさつについて問いただすと、ようやく風音は重い口を開ける。数十年前に試験的に作られた最初の人工知能搭載型コロニー、それがネルヴァルだった。ある時、ネルヴァルはコロニー内に住む人々を洗脳し反乱を起こす。その時にネルヴァルと戦ったのが、獅子堂評議会とレオパルドだった。長い戦いの末に、評議会は人々を救い出すことに成功するが、その際にネルヴァルは逃走していた。さらに秋葉が疑問を口にしようとしたその時、温泉の中から大きな首長竜が出現、レオパルドに装着するはずだった冷却装置を奪われてしまうのだった。
脚本:樋口達人／コンテ:倉田綾子／演出:倉田綾子／作画監督:稲吉智重
レオパルドの前に突如月面からあらわれたネルヴァルコロニー。秋葉達は高嶺を助けるためにQTアームズに乗り込んだものの、ネルヴァルの冷気攻撃にやられネルヴァルの内部へと落下していった。秋葉は意識を失っていたいつきを助け出すが、そこに巨大な顔の形をしたネルヴァルの頭脳体が現れた。さらに、アレイダとそれを追ってきた高嶺も駆けつける。高嶺はレオパルドの反物質砲のトリガーを引くよう秋葉に命令する。
脚本:樋口達人／コンテ:竹内浩志／演出:竹内浩志／作画監督（キャラ・メカ）:椛島洋介・川原智弘
高嶺からの定時連絡が途切れたことを知った風音は、月へエミリオを向かわせる。一方、聖アルテミス更生センターに着いた秋葉一行はレオパルドのパーツを探すため、メインフレームに侵入し構造図を手に入れようとしていた。コンピュータルームでセキュリティを解除しようとするが、勢い余って施設の全セキュリティを解除してしまう。それをきっかけに囚人達の首輪のロックが外れ、暴動が起きる。秋葉は混乱に乗じてメインフレームへの侵入を果たそうとするが途中で人波に飲まれ、いつきやほのか達とはぐれてしまう。
脚本:樋口達人／コンテ:寺岡 巌／演出:田辺泰裕／
作画監督（キャラ・メカ）:稲吉朝子・椛島洋介（アクション作監）
Qテクターを透過させられ学園内で裸をさらすことになった秋葉は、レオパルドと大喧嘩をしてしまう。困るほのかを尻目に、秋葉はレオパルドコロニーから出て行く。その頃、獅子堂家では風音、エル・スールを含む獅子堂評議会のメンバーが集まり、会議が開かれていた。モニターに映る高嶺から桜が何者かに連れ去られたとの報告が入る。一方、事態を知らない秋葉は、レオパルドから解放され、久しぶりの自由を満喫しようとしていた。
脚本:樋口達人／コンテ:宅野誠起・須永 司／演出:宅野誠起／
作画監督（キャラ・メカ）:深沢謙二・川原智弘
学園祭でにぎわう校内を歩いていた秋葉は理事長室へと呼び出される。そこで彼女が目にしたのは仮面をつけたレオパルドの犯行予告の映像だった。レオパルド曰く、「このコロニーから、僕の大切なものを取り返させてもらう」とのこと。この映像は秋葉の端末から発信されたらしい。腹を立てた秋葉とイモちゃんは、レオパルドと大喧嘩に。一方その頃、学令再編特区で男子生徒が暴れていた。知らせを聞いて駆けつけたいつきと生徒会の面々の目の前に現れたのは、箱をかぶった人間だった！！
脚本:花田十輝／コンテ:寺岡 巌／演出:京極尚彦／作画監督（キャラ・メカ）:竹森由加・市川敬三
まるで生き物のように伸びるパイプ群、「ネルヴァル」と呼ばれる巨大なメカと対峙する秋葉達。それらの攻撃に苦戦するも、飛び込んできたほのかの助けにより目的の磁気チェンバーを手に入れ、プラントコロニーからの脱出に成功する。そこで目にしたものは、ICPの車両を次々に破壊するプラントコロニーの姿だった。秋葉はレオパルドの元へ戻ると、コロニーに磁気チェンバーを取り付ける。それは、レオパルドの真なる力の発現となり、秋葉は手にした黄金銃の引き金を引くのだった！！
脚本:花田十輝／コンテ:倉田綾子／演出:倉田綾子／作画監督（キャラ・メカ）:稲吉智重
秋葉が目を覚ますと、そこは自室のベッドの上だった。宇宙空間をさまよっていたところをフリオに助け出されたらしい。レオパルドの所在を聞くと、消滅したとのこと。翌日、登校した秋葉は生徒会から呼び出しを食らう。学園の脱出ポッドを使用した件について問いただされて言葉に詰まる秋葉。と、そこに天井を砕いて謎の少女が現れた。少女は時雨に蹴りを見舞うとそのまま交戦状態に。隙をついて生徒会室から逃げ出す秋葉。ホームルームの時間、転校生と紹介され教室に入ってきたのは先程の少女、河合ほのかだった。
脚本:花田十輝／コンテ:竹内浩志／演出:竹内浩志／作画監督（キャラ・メカ）:竹内浩志・大塚 健
獅子堂秋葉は獅子堂五姉妹の三女で17歳。そんな彼女のもとに結婚話がもちあがる。納得がいかない秋葉は、メイドナビのイモちゃんと一緒に自宅から逃亡。幼なじみのフリオの手引きでスクールコロニーの脱出ポッドへ逃げ込む。時を同じくして、宇宙空間に謎のコロニーが出現した。突如として姿を現した強大なコロニーの引力は、周囲を漂う無数のデブリと共に秋葉を載せた脱出ポッドを吸い込いこんでゆく。
脚本:花田十輝／コンテ:小原正和／演出:仕舞屋鉄／作画監督（キャラ・メカ）:椛島洋介