サトシたちは次のポケモンコンテストが開かれるアケビタウン行きの船に乗っていた。船内で遊ぶポッチャマとピカチュウ。だが、サトシたちが少し目を離した隙に、船内に忍び込んでいたロケット団に連れ去られてしまった！「いい感じ～！」と逃げ去るロケット団だったが、突然、海が荒れはじめピカチュウたちに逃げられてしまう！そんなピカチュウたちが流れ着いたのは、とある無人島。サトシたちの元に戻ろうと奮闘するピカチュウたち。すると、なにやら一生懸命に島のポケモンたちが岩を運ぶ姿を見かける！後をついていくと、そこには不思議なマユとそれに反応する沢山の岩が・・・このマユの正体とは一体！？そしてピカチュウたちは無事サトシたちのもとへ戻れるのか？