ミオシティのポケモンセンターで、アケビタウン行きの船を待つサトシたち。そこに一本の電話が入った。相手はなんとこうてつ島で修行中のジュン！だが、ジュンの様子がいつもと違う。話を聞くと、なんとジュンのエンペルトが突如暴れだしたのだという。「原因を調べてみせる！」と意気込むジュンを手伝うため、サトシたちもこうてつ島へ向かうことに！到着したこうてつ島で目にしたのは、暴れまわる"はがねタイプのポケモン"たちの姿だった。ポケモンがポケモンを襲うという光景に、言葉を失うサトシたち。どうにかして暴走を止めようとするサトシに、はがねタイプのポケモンたちが襲い掛かる！！その時、サトシをかばうようにルカリオと一人のはどう使いが現れた！！