次のコンテストが行われるアケビタウンへ向かおうと、ミオシティの船着場を訪れたサトシたち。昼食をとっていると、突然現れた"でんこうポケモン"ルクシオにポケモンフーズを奪われてしまった！ルクシオを追って地下水路にたどり着いたサトシとピカチュウ。そこで目にしたのは、ルクシオが迷子になった"たまくじらポケモン"ホエルコにポケモンフーズをあげる姿だった！ルクシオはこの地下水路で暮らすポケモンたちのリーダーで、ホエルコを助けてあげたいと考えていたのだ。ルクシオの思いを知ったサトシはホエルコを海に帰す手伝いを申し出る！でも、ルクシオたちと協力して立てた作戦は、とっても大掛かり！本当に上手くいくの！？