あります。
ただし、一般的にすべての方法に有効な検知法はなく、ケースバイケースで調べることになります。
あなたのスキルでは乗っ取られているかどうかの判別は無理ですが、もし乗っ取られていることを危惧する(何か心当たりがある)状況であれば、今すぐそのパソコンをインターネットから切り離して、乗っ取られた恐れのあるパソコンを使わないようにしてください。
乗っ取られたパソコンが乗っ取った輩にコントロールされ、今以上に他人に迷惑をかける恐れがあります。

ご自身にそれができるだけのスキルが無い、というのであれば「餅は餅屋」ということで、たとえば以下のような専門家に依頼すればよろしいかと。(スキルが無いんですよね? スキルが)

「パソコン修理・パソコンサポートのtechnix_（テクニックス）」
http://www.pc-trouble.jp/

http://www.kotaete-net.net/Default.aspx?pgid=13&pid=1004078491050
って人が
http://www.552525.com/
というページを開設しています。
調べてもらったらいいと思います。
ほぼ同等のスキル（人生・社会・パソコンともに）に違いありませんので、きっと話も通じることでしょう。