1995年1月17日午前5時46分、阪神淡路大震災発生――。
11歳の早川勇作（市原隼人）は、この地震で看護師の母と消防隊員の父を亡くした。
被災者の救助にあたっていた消防隊員の父は、建物内に閉じ込められた子どもを助けている最中、勇作の目の前で爆風とともに散ったのだ。このとき、東京から特別救助部隊（ハイパーレスキュー）も応援にかけつけていたのだが、隊長の大野（伊原剛志）もあまりに突然の出来事に、勇作の父を助けることができなかった。
「おじさんレスキューだろ。早くお父さんを助けてよ！」
大野は勇作の悲痛の叫びをただ受け止めるしかなかった。
2004年10月23日午後5時56分、新潟県中越地震発生――
西村純（阿部力）は瓦礫の下に埋もれ、体には激痛が走っていた。「死ぬのか……」純が半ば諦めかけたとき、救いの手が伸べられた。彼を助けてくれたのは、ハイパーレスキュー隊の篠原祐司（伊藤英明）だった。この出来事を機に、憧れから純はレスキューを目指す。
2007年9月、東京――。
特別救助隊選抜試験に合格した消防士たちが、25日間の過酷なレスキュー技術研修に参加するため、一同に会していた。選抜試験を突破しても、この研修を通過しない限りレスキューにはなれないのだ。その、第一関門を突破した隊員たちのなかに、大人になった早川勇作と西村純の姿があった。
勇作は、抜群の運動能力と行動力をもち、真っ直ぐで熱い男に成長していた。一方、純のほうは勇作とならぶ実力を持ちながらも、冷静沈着。時として優しすぎることがある。この対照的なふたりが、班分けにより同じ第3小隊のメンバーになる。ほかに、榊圭吾（福井博章）、木村光太郎（蕨野友也）、そして初の女性レスキューを目指す水城マナ（上原多香子）もチームメイトとなった。
レスキューの現場はチームワークを大切にするため、訓練もチーム対抗で争われ、ポイントがつけられる。そして、最下位のチームにはペナルティとして10キロ走が加担される。訓練でヘトヘトになった体にこのペナルティはきつい。そのため、各班は団結していい結果を出さなければならない。また、それが求められているのだ。
しかし、第3小隊のメンバーは気持ちがまとまらず、バラバラになってしまっている。
榊は、チーム内に体力的に劣る女性がいるのはハンデだと、ことある度にマナを攻撃し、体力テストで最下位だったマナは自分が選抜試験に合格したのは、消防隊が女性にも開かれていることを見せるためだけなのではないかと疑う。勇作は自分の力だけに頼り勝手な行動を繰り返し、冷静沈着でチームワークをなにより重んじる純とたびたび対立する。そんな純も、地震で味わった過去の恐怖を心のなかから払拭できないでいた。これでは訓練に励んでも、なかなか成果があがらない。はたして第3小隊はこのままで訓練を通過できるのか？
さらに、このような状況のなか、勇作は教官の大野が父を救ってくれなかったレスキューだったことを思い出して、感情が爆発する。
「自分だったら命を捨ててでも人を助ける」。
しかし、そんな勇作の自分の命をも顧みない救出活動が問題を起こしてしまう……