飛行船での移動を経て、ミオシティに到着したサトシたち。しかし、待ち受けていたロケット団の罠で、サトシたちは手持ちのポケモンと離れ離れになってしまう。「先に見つけてゲットしてやる！」とムサシ・コジロウはここぞとばかりに猛ダッシュ！サトシたちも慌てて追いかける！一方、サトシたちを探すピカチュウたちの前に現れたのは、ロケット団のニャース。当然のように警戒するも、ニャースの様子がいつもと違う！？なんとロケット団を辞めて、サトシたちの仲間になりたいと言うのだ！一緒に行動することになったピカチュウたちとニャース。果たしてニャースの真意とは！？ピカチュウたちは無事サトシたちの元に辿り着けるのか！？