串本町の２００７年度町病院事業会計決算は９９７４万円の赤字で、単年度の赤字額は前年度より約２４００万円増えた。累積赤字は25億５３３２万円。内部留保資金は６４８９万円を取り崩し、２億７０９８万円になった。国保直営串本病院と国保古座川病院を統合し、２０１０年度中に新病院を開院する予定だが、内部留保金を取り崩す厳しい状況が続いている。 全体の事業収入は23億１４３２万円で、事業費用は24億１４０６万円。串本病院は事業収入14億３６５６万円に対し、事業費用14億８２５５万円で４５９９万円の赤字。古座川病院は事業収入８億７７７５万円に対し、事業費用９億３１５０万円で５３７５万円の赤字だった。 患者数は、外来が９万５９５９人（串本病院４万９１８９、古座川病院４万６７７０）で、入院が３万５５８１人（串本病院２万６５５６、古座川病院９０２５）。前年度と比べて外来で６７７７人、入院で７９５５人減った。 串本病院は、整形外科の手術が増えるなどで医業収益が前年度比３・１％増えた一方で、材料費や、古座川病院からの看護師の増員による給与費の増などで医業費用も６・73％増えた。また、06年度後半から、予約診療制にしたことなどが影響し、患者数も減った。 古座川病院は、外科の医師体制が不十分だったことなどから、医業収益で前年度比17・81％落ちた。一方で、看護師が不足した串本病院に看護師を異動するなど職員数は前年度の73人から07年度末で55人に減らし、給与費を13・８％減らした。 両病院は統合し、10年度に開業を予定している。建設費などオープンにかかる事業費用は約56億円を見込んでいるが、すべて起債で賄う計画で、財政不安もある。病院建設マスタープランでは、事業費の４分の３を病院事業債で、残りの４分の１は一般会計からの繰り入れ（過疎債や合併特例債）で賄う予定という。 医師の確保も課題。現在、常勤医師は串本病院が内科３人、外科３人、整形外科３人、産婦人科１人、古座川病院が内科３人の計13人。マスタープランでは新病院の常勤医師は15人だが、新設する脳神経外科の常勤医師１人は確保が難しいという。新病院では、おおむね近畿大学を中心に派遣してもらう予定になっており、町は今後確保に努めたいとしている。 新病院の建設場所は同町サンゴ台で、敷地面積は１万３６００平方メートル、延べ床面積９７３４平方メートル。４階建てで、病床数は１３０床。08年度は実施設計をし、今年９月から土地造成工事をしている。