既に貴殿にはフラグが立っているのでフラグには気をつけて下さい。
レジストリは変更の度に変更前の箇所をremしていきます。remが溜まるとファイルサイズは大きくなるわ、読み取りに時間がかかるわ、間違いも起きやすくなるわで良いことないので、rem文を削除し再構築する、という感じになります。
また、破損したエントリやリンクの切れたエントリを除いてしまうということも必要になる時があります。これはレジストリクリーナーの役目です。
動作に影響が出ていない限り、必要とは言えないもので、しょっちゅうやったからといってパフォーマンスが上がるという類のものでもありません。
Undo(若しくはバックアップ)機能がないものは使わない方が幸せかも知れません。
また、パソコンに詳しくない人は尚更危険と隣り合わせなので、手を出さない方が得策でしょう。