チャンピオンマスター防衛戦を観戦するため、とあるポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは久しぶりにシンジと遭遇。しかし、ヒコザルをめぐる口論が発端で二人はバトルをすることに！サトシはシンジの"おおボスポケモン"ドンカラスを相手にナエトルで挑む！いざバトルが始まると、強力なドンカラスのわざの前に、徐々に追い詰められてしまうサトシたち。そのとき、ドンカラスの攻撃を受けたナエトルが、なんとハヤシガメに進化！一気に攻勢に出ようとするが、ハヤシガメに以前のようなキレがないと戸惑うサトシ。だが、そんなハヤシガメを冷静に見つめるポケモンの姿が。それはシンジのドダイトスだった・・・。