給料明細の厚生年金保険料において
３人の同じ所得の人間が（月の総振り込み額、仮に２５万）
今月の厚生年金保険料が私だけ４０００円多い状況です。

会社は間違いない。といいますが
調べる方法、ポイントはありますか？

厚生年金保険料は、給料・賞与の額のよって決定します。毎年1回、4月・5月・6月に支払われた給与（残業、通勤費、など諸手当を含む）の平均額（標準報酬月額）から算出されます。

こので算出された標準報酬月額に対して、「標準報酬・保険料月額表」によって毎月の厚生年金保険料が決まります。

新たに決まった保険料は、月給が大きく変動しない限り、当年9月分から翌年8月分までの保険料に適用されます。

したがって、2008年7月分で支払った保険料は、2007年度の標準報酬月額が基準になっています。

まず、2007年4月～6月の給与支払額が全く同じかどうか、確認してください。

それでも疑義がある場合は、あなたの標準報酬月額が幾らになっているか、人事部にご確認ください。

http://job.yomiuri.co.jp/career/qa/ca_qa_08080601.cfm

http://www.sia.go.jp/sodan/nenkin/hokenryo_ans02.htm

給料が全く同じだったら厚生年金保険料は同じはずですが、確認すべき点は「報酬月額」と「等級」ですね。

残業代金が別途支給されていたりしませんか？

もしくは、交通費などに差は有りませんか？

（所得税の計算は、交通費は含まれませんが、健康保険・厚生年金は、入れます）

※ただし、交通費の非課税所得内に限る

http://www.soumunomori.com/navi/cd-9/

↑レアなレースも載っていますので、参考にして下さい。

http://homepage2.nifty.com/akahori/kojin_zeikin/tukinteate_tax.h...

↑交通費の非課税限度額

会社（人事？）も「間違い無い」の一言だけではなく、

理由等も付けるのが当然ですよね・・。

調べ方のポイントというよりは聞き方がポイントだと思います。

「どうして違うのか」と聞くと「個人のことだから・・・」とやんわりと（あるいは固くなに）断られるかと思いますが

「保険料って、どうやって計算されているのですか？」と聞けば詳しく教えてくれると思いますよ。

それはさておき、4000円という金額から考えると

貴殿だけが40歳を迎えて介護保険料分が加算されたのだと思いますよ。