福井希一: 日本育種学会賞（1999）有用植物染色体の画像解析と分子遺伝学的研究」

・植物細胞分子生物学会学会賞技術賞（2007）

・日本工学教育協会賞　論文・論説賞（2007）

・バイオビジネスコンペバイオ先端知賞ＪＡＰＡＮバイオ先端知賞（2006）

・平成17年度VBL公開成果発表会 (2006年3月15日) 優秀賞受賞
バイオアクティブビーズ法を用いた巨大遺伝子群の導入による新型有用米の開発
和田直樹、秋山征夫、大谷基泰、鈴木剛、向井康比己、島田多喜子、福井希一

・第３回バイオビジネスコンペＪＡＰＡＮ優秀賞(2003)

・日本生物工学会論文賞(2003)

・日本遺伝学会ベストペーパー賞(2001)

・T. Hirose, J. Miyamoto, T. Wako, Y. Akiyama, T. Sone, K. Fukui. Plant & Animal Genome VIII, Best Poster Award （2000）"CAJ: New feaure of Eudejas−An image database for plant chromosomes"