2008年11月。日本海に面する寒村で「Ｈ５Ｎ１型新型インフルエンザ」の患者が相次いで確認された。東京・港川区の大澤病院副院長・田嶋哲夫（三浦友和）は、そのニュースを食い入るように見つめていた。その村はかつて田嶋が捨てた故郷・与田村だったのだ。画面には訣別した父・石五郎（佐藤慶）が村の医師として必死に診察にあたる姿が写っていた。

一方、いち早く与田村にとんだ感染症予防研究所の奥村薫（麻生祐未）は感染源らしき木造船を与田村の海岸で発見する。村を徹底的に封じ込め、根絶を図る政府。しかし、予想もしない形で包囲網は破られ、東京でついに１例発覚。“最強ウイルス”の名にふさわしく、新型インフルエンザは信じられないスピードで東京中に蔓延。社会システムの停滞、モラルの低下、医療現場の崩壊…。ウイルスに侵された人々が行き場をなくす中、田嶋は自分の病院に新型インフルエンザの患者を受け入れることを進言する。

殺到する患者たちを次々と診察する田嶋だが、病院はあっという間に患者であふれかえる。そしてベッドも足りなくなってしまったとき、出産を間近に控えた重症の女性（占部房子）が運び込まれてくる。しかし病院に数台しかない人工呼吸器は全て塞がっていた。田嶋は大きな決断を迫られる――。

※港川区、与田村は架空の地名。