1台のサーバPCでWebサーバとFSCを同居させ、なおかつRTMP トンネリングを有効にする場合、サーバPCに2つのIPを持たせてIISとFCSに別々のIPを使用させるという方法がありますが、IIS6が相手だと設定が激しくメンドクサイ。
以下そのメンドクサイ設定方法です。

前提環境
・WindowsServer2003 IIS6
・FCS 1.5
ＩＰを次のように割り当てるものとする。
IIS:192.168.0.101
FCS:192.168.0.102

1.ソケットプールを無効にする。
コマンドプロンプトでCD C:\Inetpub\Adminscripts
コマンドプロンプトで　cscript adsutil.vbs set w3svc/disablesocketpooling true
disablesocketpooling : (BOOLEAN) Trueが返れば成功。
IISAdmin サービスを停止してから起動します。
WWW サービスを再起動します。

2.Microsoft Windows サポート ツールをインストールする 
 Windows Server 2003 CDの\Support\ToolsにあるSUPTOOLSをインストール。

3.インストールされたhttpcfg.exeでIISで使用するIPをiplistenに追加する。 
 コマンドプロンプトでhttpcfg set iplisten -i 192.168.100.101
 HttpSetServiceConfiguration completed with 0が返れば成功。
 コマンドプロンプトでhttpcfg query iplistenを打って指定したIPが追加されているのを確認。

4.httpサービスを再起動する。 
コントロールパネルのサービスからでは不可なので、コマンドプロンプトからの操作が必要。
 コマンドプロンプトでnet stop http /yで停止。
 コマンドプロンプトでnet start w3svcで起動。

5.IISで対象サイトのIPアドレスとポートを指定する。 
IPアドレス：192.168.0.101
TCPポート：80

6.FCSの設定 
 Adaptor.xml内の<HostPort>部分を"<HostPort>使用するID:使用するポート</HostPort>"のように書き換える。
 この場合は、
 <HostPort>192.168.100.102:80</HostPort>

 FCSサービスを再起動。

Microsoftサポートオンライン
・ソケット プールを無効にする方法
・メタベース プロパティ DisableSocketPooling を設定しても有効にならない