前期倭寇

前期倭寇は日本人が中心で、元寇に際して元軍とその支配下にあった高麗軍によって住民を虐殺された対馬・壱岐・松浦・五島列島などの住民が中心。
元寇に対する地方の私軍による復讐の意味合い、および、再度の侵攻への予防という側面もあった。

清の徐継畭の『瀛環志略』や李氏朝鮮の安鼎福の『東史綱目』には、倭寇の原因は
日本に対する侵略行為を行った高麗人への報復である、と記述されている。

後期倭寇

後期倭寇の中心は私貿易を行う中国人であったとされ、『明史』日本伝にも真倭（本当の日本人）は10のうち3であるとも記述されている。ただし少ないながらもこれら日本人は、当時日本が戦国時代であったことから戦争慣れしたものが多く、戦争の先頭に立ったり指揮を執ることで倭寇の武力向上に資していた。この時期も引き続いて明王朝は海禁政策により私貿易を制限しており、これに反対する中国や朝鮮の商人たちは日本人の格好を真似て（偽倭）、浙江省の双嶼や福建省南部の月港を拠点とした。

後期倭寇の頭目には、中国人の王直や徐海、李光頭、許棟などがいる。