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SigmaのMissionモードの特徴 
ノーマルクリア後に登場するMissionモードですが、チャプター14のニケ&イシュタロスを撃破する事でもプレイ可能になるようです。
数はブラックと同じだけど、小型魔神100体殲滅とか新ミッション加わって、多少変わってる
各グループ、5つのうち一つがレイチェル用ミッションになってるみたい
超忍への道標
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 超忍への道標 | Phase1 | せん滅せよ！ | 忍者系の敵を24人全て倒す |
| Phase2 | せん滅せよ！ | 赤忍(仮)、ガルラ、ゴブデック、ビーツーフライの計26匹全て倒す | |
| Phase3 | 赤武者を撃破せよ！ | 赤武者を馬から落としてから倒す | |
| Phase4 | せん滅せよ！ | 忍者系の敵を100人全て倒す | |
| Phase5 | 影一門頭首ムライを撃破せよ！ | ムライを倒す(忍者の護衛あり) |
夢幻の怨霊
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 夢幻の怨霊 | Phase1 | 化石龍を撃破せよ！ | 化石龍を倒す(ビーツーフライの護衛あり) |
| Phase2 | 魔神ヒュドラキュプスを撃破せよ！ | ヒュドラキュプスを倒す(シャドウ系の護衛あり) | |
| Phase3 | ドーク重鬼卿を撃破せよ！ | ドークを倒す(強化武者やナイトの護衛あり) | |
| Phase4 | 魔神ヨトゥンフラウを撃破せよ！ | ヨトゥンフラウを倒す(キャットの護衛あり) | |
| Phase5 | 溶岩龍スマウガンを撃破せよ！ | スマウガンを倒す(グール・弓の護衛あり) |
深淵なる巣窟
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 深淵なる巣窟 | Phase1 | せん滅せよ！ | 大コウモリ、ビーツーフライ、廃棄物、フォッグフィッシュを全て倒す |
| Phase2 | サンダーボルトワームを撃破せよ！ | サンダーボルトワームを倒す(虫の護衛あり) | |
| Phase3 | せん滅せよ！ | フレアシャドウ、シャドウ、グーロウ、ディノを計22匹全て倒す | |
| Phase4 | ワームをせん滅せよ！ | サンダーボルトワームとファイアーワームを倒す(虫の護衛あり) | |
| Phase5 | ワームをせん滅せよ！ | サンダーボルトワーム2匹とファイアーワーム1匹を倒す(虫の護衛あり) |
軍事壊滅
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 軍事壊滅 | Phase1 | ダイナモを撃破せよ！ | ダイナモを倒す(MSATの護衛あり) |
| Phase2 | 戦車を撃破せよ！ | 戦車を２機倒す(MSATの護衛あり) | |
| Phase3 | 電波塔を破壊せよ！ | 電波塔を破壊する(ディノ、フレアシャドウ、ロケラン兵等の護衛あり) | |
| Phase4 | ヘリを撃ち落とせ！ | 戦闘ヘリを倒す(MSATの護衛あり) | |
| Phase5 | せん滅せよ！ | 兵士系の敵を100人全て倒す |
魔獣達の降臨
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 魔獣達の降臨 | Phase1 | せん滅せよ！ | ディノとキャットの計14匹を全て倒す |
| Phase2 | せん滅せよ！ | ディノ2匹、ナイト3匹、ディノ2匹、ゴブデック2匹の計9匹を全て倒す | |
| Phase3 | 戦車を撃破せよ！ | 戦車を倒す(魔神MSAT2匹の護衛あり) | |
| Phase4 | 魔神パズ・ズーを撃破せよ！ | パズ・ズーを倒す(シャドウ系、ディノ、キャットの護衛あり) | |
| Phase5 | MASTER NINJA TOURNAMENT Final Round | ドーク撃破、マルバス撃破、ナイト3匹撃破、ニケ撃破、イシュタロス撃破 |
跳ね橋での殲滅編
トリケラ仮面、大剣野郎、恐竜の。
そこなら大剣野郎を優先して倒せばいけるかと。
後は誘導して分断、各個撃破。
順番は大剣、トリケラ、ゴブデック、大剣*********
方法は簡単。上がってる跳ね橋のすぐ近くで戦闘するだけ。
カメラに他の敵を映さなければほとんど違う敵からの攻撃は飛んでこない。
あとはその位置で適当にダビラ使って倒せばおｋ。
魅惑の女神
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 魅惑の女神 | Phase1 | 覚醒アルマを撃破せよ！ | 覚醒アルマを倒す(シャドウ系の護衛あり) |
| Phase2 | アルマ重鬼卿を撃破せよ！ | アルマを倒す(シャドウ系、キャットの護衛あり) | |
| Phase3 | レイチェルを救え！ | グール・弓、ディノ、フォッグフィッシュ、ロケラン兵の計26匹を全て倒す(レイチェルが死んだら失敗) | |
| Phase4 | 太古代重鬼卿ニケを撃破せよ！ | ニケを倒す(シャドウ系の護衛あり) | |
| Phase5 | 太古代重鬼卿イシュタロスを撃破せよ！ | イシュタロスを倒す(テンプルガードの護衛あり) |
宿命の対決
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 宿命の対決 | Phase1 | 己を越えろ！ | 偽リュウ・ハヤブサを倒す(敵武器：ヴィゴリアンフレイル) |
| Phase2 | 己を越えろ！ | 偽リュウ・ハヤブサを倒す(敵武器：妖刀鬼徹) | |
| Phase3 | 己を越えろ！ | 偽リュウ・ハヤブサを倒す(敵武器：大刀ダビラヒロ) | |
| Phase4 | 己を越えろ！ | 偽リュウ・ハヤブサを倒す(敵武器：真・龍剣) | |
| Phase5 | 己を越えろ！ | 偽リュウ・ハヤブサを倒す(敵武器：無想新月棍) |
ミッションのニセハヤブサ（真龍剣）の部屋で、
上の壁を壊すとレイチェルがぶら下がっている
偽ブサ戦・ミッション編
ストーリーでは忍犬、Normalでは出ないもよう。
偽ハヤブサ、普通に戦うと糞強いが慣れるとノーダメでも倒せるぞ。
黒龍丸を装備してひたすらXY
2発目が当たったらXYを連発すればなぜか喰らい続ける
起き上がりに合わせる感じで出すんじゃなくて
ﾀﾞｳﾝ中にX、起き上がって来た所にY
っていう具合
これで瞬殺出来る
ダビラなら炎獄斬をひたすらやってれば勝てるな。
多少ダメージ食らうがこっちの方が簡単で早い
ただ、敵のﾚﾍﾞﾙが低い場合は切り返して来る事が多い気がする
伊綱落としをやってはいけない。
よってﾍﾞﾘﾊ以上推奨 攻略的にはドークと似た感じかも。
奈落の戦場
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 奈落の戦場 | Phase1 | 魔神ムライを撃破せよ！ | 魔神ムライを倒す(シャドウ系の護衛あり) |
| Phase2 | ドークの怨霊を撃破せよ！ | ドーク亡霊形態を倒す(フォッグフィッシュの護衛あり) | |
| Phase3 | マルバス重鬼卿を撃破せよ！ | マルバスを倒す(シャドウ系、キャット、ナイトの護衛あり) | |
| Phase4 | 己を越えろ！ | 偽リュウ・ハヤブサを倒す(敵武器：天衣無縫)(般若の護衛あり) | |
| Phase5 | 己を越えろ！ | 偽リュウ・ハヤブサを２人倒す(敵武器：ヴィゴリアンフレイル、無想新月棍) |
冥界の巨星
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| 冥界の巨星 | Phase1 | せん滅せよ！ | アルマとドークを倒す(同時に相手をする) |
| Phase2 | せん滅せよ！ | ドークとマルバスを倒す(同時に相手をする) | |
| Phase3 | せん滅せよ！ | アルマとマルバスを倒す(同時に相手をする) | |
| Phase4 | せん滅せよ！ | アルマとニケを倒す(同時に相手をする) | |
| Phase5 | せん滅せよ！ | ニケとイシュタロスを倒す(同時に相手をする) |
Eternal Legend
| タイトル | Phase | ミッションタイトル | ミッション内容 |
| Eternal Legend | Phase1 | レイチェルを救え！ | Phase1～5が一続きのステージになっている。 Phaseクリア毎にセーブ可、買い物可。 ちなみに内容はハリパク２とほぼ同じ(安らぎと交差を抜きAIがBlack仕様)。 ハリケーンパック２をクリアした人なら苦も無くクリアできるだろう。 |
| Phase2 | レイチェルを救え！ | ||
| Phase3 | レイチェルを救え！ | ||
| Phase4 | レイチェルを救え！ | ||
| Phase5 | レイチェルを救え！ |
ハリパク2とほぼ同内容なので、有る程度の攻略については「ハリケーンパック vol.2まとめ」を参照してください。
ランキングの考察
チャプターのランク判定は
- クリアした時のボーナスじゃなくて部隊殲滅時のボーナス
- 敵を倒した数
- 最終的に獲得したエッセンス量
- 忍法をいくつ残したか
全部獲得すると３１万（だっけ）もらえる
これで超忍もらえるんじゃないの？
もらえない人は上にあげたボーナスをもらってないと思う