デジモンが生きるDWは、容量に限界が近付づき崩壊の危機に直面していた。 DWの『神』（ホストコンピュータ）は危機を避けるためデジモン消去プログラムを発動する。 デジモン消去プログラムでデジモン達が削除される中、強い生命力をもつデジモンはNDWへと逃れていった。 生き残ったドルモンはそこで少年コータと出会う！ 生き残ったデジモンを異分子とみなした『神』（ホストコンピュータ）は、 これを排除すべく聖騎士オメガモンをNDWに派遣する。 究極のX-進化をとげたドルゴラモンだが、オメガモンとの決戦に敗れ去る。 しかし、その死の間際に恐るべき死の進化が発動、驚異の破壊生命体が誕生した！！ ユージとリュウダモンは過酷な旅路の果ての東方の地にて、ついに伝説の王竜の力を手に入れる！   デスクドルゴラモンの「破壊衝動」は生命データを失っても活動を続け、デスクモンとして未来世界に出現する。 オメガモンの奥義をも跳ねのけるその圧倒的な力の前に、もはや未来は閉ざされたかに見えたがそこに、 ドルモンより進化を遂げた究極戦士アルファモンと、オウリュウモンが駆けつける！ 己の、世界の未来をかけた最後の決戦…！！　その結末はキミのペンデュラムエックスに刻まれだろう。