ショートさせた時、他のパーツが壊れていなければ問題ないでしょう。

ただ、Windows MSEはGateway GT5062jについていたライセンスなので、
他の環境で使うとライセンス違反になると思われます。

Vista Home Premiumは別途購入されたものでしょうか。
通常版ならVista Home Premiumだけ入れればOKだと思いますが、
アップグレード版だと、使用してOKなのかな･･･

ちょっとここは不明瞭なので、調べてご使用ください。

ご回答ありがとうございます。
Vistaは無償アップグレード版です。
もう少し他の回答を待って判断します。

Vistaだとセーフモードでのドライバ削除などが難しいので、入れ直した方が早いと思います。
また、パーツもどの程度影響を受けているか不明ですので、もしかするとCPUやメモリも逝っている可能性がありますから、念頭に置いた方が良さそうです。

また、細かいことを言うと、元のOSがOEMだと元のマシンに付属と言うことで、組み替えの場合は厳密にはアウトです。全体を一つの製品として見ているので、例えば自作でメモリやFDDとバンドルしたのとは訳が違うのです。
納得いかない場合は、ベンダーかMicrosoftにお問い合わせになった方が宜しいかと思います。

元のOSがGT5062j付属のOEMのため、マザーボードを個人で交換した場合使用できない可能性が考えられるのでGatewayのサポートに確認してみたほうが良いと思います。
Gatewayは交換部品を宅配便で送ってくれるようなのでGatewayのサポートにマザーボードを送ってもらう場合の費用も聞いて対応されてはどうですか？

サービスプログラム
http://jp.gateway.com/support/service_programs.html
電話によるテクニカルサポート
http://jp.gateway.com/support/suppoptions.html

ご回答ありがとうございます
実は、保証期間が過ぎた場合、全てのサポートが有償で、問い合わせ一件あたり3000円弱を前払いとの事でかなり金額が張ると想像するので、市販ボードをと考えたの次第です。

市販のマザーボードに交換するとGateway GT5062jに付属していたOEMのOSは使用できない可能性が高く、マイクロソフトに使用できるか問い合わせてもOEM版の為、PCメーカーに問い合わせるように言われて使用できるかについて回答は得られないと思います。
Vistaも無償アップグレード版のため、別のXP等からは使用できない可能性が考えられます。
付属のOSを使用したい場合には、費用が掛かってもサポートに問い合わせて対応して、市販のマザーボードを購入されるのでしたらOSも一緒に購入して使用されると良いと思います。

Windows MSEがプリインストール版では使えません。
マザボとケースとＯＳがセットで販売しているものを購入した方が割安です。
無論ＸＰであればそれに越した事はありませんが今ならVistaとのチョイス
があるかも。

2006年の冬モデルですよね？
Gatewayで修理してもらえばいいような気がしますが、
2年も経っていないのにメーカは部品を持っていないんでしょうか？

その壊したというマザーボードが本当にマザーボードだけの問題であるのか、それを先に確認して置いた方がよいのではないでしょうか？
それとゲートウェイと言うメーカーは一度は撤退してしまったメーカーですよね？
業績が悪くなって儲からないとなればユーザーの事等お構いなしに撤収、撤退して逃げてしまう様なメーカー・・その様な所のサポート等タカが知れているかと推測されます。
サポートしていると言ってもマイクロソフトと同様にバカ高い有料サポート料金型態で金取り主義でやってくれるだけでしょう。

チップセットさえ判明出来ていれば同じチップセットで市販品マザーボードを購入して来て、それとケースの購入ですか・・復旧は可能だと思われます。
出来れば電源とかもメーカー製の貧弱で頼りない電源もしっかりとした耐久性と出力にも余裕がある様な電源に交換してしまえばよいかと思われます。
Vistaのバージョンがアップグレードバージョンのホームプレミアムとの事ですけど、いきなりそちらからインストールも出来るのではないでしょうか？
但し、インストールの途中で本来存在している筈のメディアセンターエディションのCD-ROMとかを要求されるかも知れません。それだけではないでしょうかね？

Gatewayは確かに撤退しました。
当時はすべて(組み立てやサポート)は他社に任せ、
自社は販売のみでした。

けれど、再参入時に自社工場組み立て、自社サポートに切り替えています。

また、質問とはかけ離れた回答だと思われますので、
そのような内容は控えたほうがよろしいかと。

to:11/さん

＞個人的なる見解も控えないです。遠慮なしです。

あなたの勝手で結構ですが、言い方によってはこんなことも検討されるかも・・・・
　↓
http://www.smbc-consulting.co.jp/company/solution/compliance/compliance_167.html

主観と憶測だけでは、回答になりません。
間違ってしまうことはあるでしょうけど、これはその範疇には入らない誹謗文書にしかなっていません。事実に即してないので、質問者さん／読者にとって、全く益なしです。

まずもって、ライセンス契約についてEULAを読んでみてはいかがですか？
それからアップグレード版についてMSの公式ページくらい検索されてはどうでしょう。
http://support.microsoft.com/kb/932616/ja
>いきなりそちらからインストールも出来る
とは見つかりませんけど。