さらに、医療機関によっては、利用できないところもある。窓口での現金精算と違い、医療機関への振り込みが４週〜６週間ほどかかるため、利用に消極的な医療機関が少なくないとされる。出産場所を決める時点で、医療機関に利用できるかどうかを確認することが必要だ。
制度の普及について、日本産婦人科医会の石渡勇常務理事は「自治体と医療機関のＰＲが重要。市区町村は妊娠の届け出や母子手帳の交付時に制度をしっかり説明し、ＨＰや広報媒体などで繰り返しＰＲすること。医療機関も分娩費用の支払いが困難と思われる妊婦には分娩前にこの制度を紹介することも大切」と訴えている。