以前同じような現象になりました。
その時はコントロールパネルとネットワーク接続が消えました。
ネットワーク接続が表示されるかチェックしてください。

こんばんは、大事なものをCDなどにバックアップしてから全てのプログラム＞アクセサリ＞システムツールの復元で復元してみるとか。

コントロールパネルが消えてしまった・・システムファイルの一部までが破損したと言う事ですよね？　XPならばシステムファイルは保護されている筈なのでもしも破損してしまえば保存されている情報を元にして修復出来る様な問題ではなかろうか？と、思われます。
システムファイルチェッカーを起動させれば、もしもシステムファイルの一部に破損が見つかれば、その箇所のファイル名が判明すると思われるのでXP-CD-ROMが単体で存在している様な自作機環境ならば修復出来ると思います。
若しくはOSだけの修復インストール作業の実行でも可能になる問題だと思われます。
後者の場合は少し大袈裟になってしまう事と、それとWindows Update Agent3.0を入手して強制インストールオプションを入れてインストールさせる問題とかもWindows Updateトラブルの発生でインストール作業が出来ない、その対処方法として記述した作業が求められる可能性があるかと思われます。

・システムファイルチェッカーでファイルを修復
　 http://arena.nikkeibp.co.jp/article/tec/winxp/20070514/121938/

とりあえず上記で修復出来る問題だと私は思います。
　

>コントロールパネルが消えてしまいました。
どこから消えてるんです？
それを明示しないと、システムの復元がシステムを復元することはできないということやWindowsXPのシステムファイルチェッカがWindows98/Meのソレとは違って、ファイルを選択して書き戻すことができないことなどをためしもしない人たちから、結果として別の不具合を呼ぶ可能性がある危険な回答がつくことに結びつきます。


ファイル名を指定して実行で
shell:ControlPanelFolder
や
RUNDLL32.EXE SHELL32.DLL,Control_RunDLL
を実行したときにコントロールパネルは開きませんか？

H ageoyadiさん、技術的なるご指摘は何時も大変参考にさせて貰っていますが、システムファイルチェッカーが存在していて、使い方の様な記述がされているサイト、又は書籍も存在していて、それでいて98/Me時代の代物とは全く異なる、書き替えられない？と言う事は本当なのでしょうか？ならばこの様な記述自体は全て嘘なのでしょうか？
システムファイル保護機能とは、その様な物、存在であって、詰る所、レジストリの編集をしなければ出来ないと言う事なのでしょうか？
何時も思う事ではありますが、いつも他者に対する危険な回答だとか、あるいは全く関係ない様な場面で、煽りの様な過去の一個人のトラブルを更に載せている様な二面性のあるお方なのですから。技術の高いところを是非ともお示し下さい。
お願い致します。結局のところ、質問者さんの不具合の解消の一助にも繋がる問題でもありますので。

まず質問文の
>気づかないうちにコントロールパネルが消えていました。
の解釈には幾通りもあります。
sofuto氏の回答にもあるように、スタートメニューから消えてしまっただけとか、Windowsエクスプローラのタスクメニューから消えてしまったなども考えられますので、まずはどこから消えたのかを確認するのが先でしょう。


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>それでいて98/Me時代の代物とは全く異なる、書き替えられない？
>と言う事は本当なのでしょうか？
いいえ。
だいたい私はそんなこと言ってませんし。

>システムファイル保護機能とは、その様な物、存在であって、
いいえ。
システムファイル保護機能の一助として、SFCによるdllcacheフォルダへの書き込みがありますが、それはシステムファイル保護機能ではありません。

>詰る所、レジストリの編集をしなければ出来ないと言う事なのでしょうか？
いいえ。
レジストリの編集をしたところで、システムファイルの書き換えや書き戻し、バージョンアップやバージョンダウンなどできるはずもありません。

>技術の高いところを是非ともお示し下さい。
いいえ。
本ご質問とは無関係です。

>質問者さんの不具合の解消の一助にも繋がる問題でもありますので。
いいえ。
あくまでもあなただけの疑問です。



コマンドプロンプトからsfcにつけるオプションに関する解説を見ることができます。それをみれば、システムファイルチェッカを本ご質問と絡めるためには、質問者さん自身の環境を確かめた上でなくては危険だということがわかります。

失礼。用語に間違いがありました。
誤　システムファイル保護機能
正　Windowsファイル保護機能

システムファイル保護機能はWindowsMeと2000のものでした。

何時もながら大変詳細なる解説、ご指摘、ありがとうございました。
未だ記述して下さった全ての箇所に関する納得、理解までには到ってはおりませんが、そこまで一々再質問をしてしまっては迷惑になると思われますので控えさせていただきます。
そして、全てを私自身が記述して質問した文面に対する統一されている記述・・・そこまでもある種の切り返しとしての一捻りの記述なのだと言う事も流石ですなあ・・が感想です。
とても参考になりました。お手数をお掛けして申し訳ありませんでした。

納得できないのはあなたの性格です。
理解できないのはあなたの限界です。
出現すること自体が迷惑ですので二度と現れないでください。

私にとってはお前の様な存在こそ、うざくて迷惑その物なんだよ。
お前こそ、消えてくれ！

漢字や送り仮名は正しく使いましょう。
さもなくば小学生からやり直すことをおすすめします。
最近の国語の授業では論点の整理の仕方まで教えてくれますので、あなたにはおすすめです。

スタートメニューのプロパティで詳細設定タブを開き「スタート」メニュー項の中で、コントロールパネル項目の「メニューとして表にする」にチェックは入っているでしょうか？

>・システムファイルチェッカーでファイルを修復
>　 http://arena.nikkeibp.co.jp/article/tec/winxp/20070514/121938/
>
>とりあえず上記で修復出来る問題だと私は思います.

まずは、上記を試してみまして、破損しているファイルがありました。
ただ、CDが別の場所（実家）にあるので、近日中に再度試して見ます。

ありがとうございました。