熊本県と大分県では地震の影響で地盤が緩み、今後の雨で土砂災害や川が氾濫するおそれがあるなどとして、１２の市町村のおよそ１７万人に避難指示や勧告が出されています。

避難指示が出されているのは、熊本県西原村のおよそ４０世帯１２０人と、南阿蘇村の黒川地区の２７０人、立野地区の１４６人、新所地区の１１３人の合わせて５２９人です。
また、避難勧告が出ているのは、八代市の１万９０５世帯２万５４３３人、宇城市のおよそ９５００世帯２万４５００人、阿蘇市の１０６７世帯２９７６人、甲佐町全域の４２９９世帯１万１０２８人、美里町の４２６２世帯１万７５０人、小国町全域の３０８３世帯７４７７人、南小国町のおよそ１７００世帯４５００人です。
このほか、２つの自治体では、１６日未明に発生した地震のあとに出された避難勧告が続いていて、菊池市全域のおよそ１万８０００世帯４万９０００人余り、大津町全域のおよそ１万３０００世帯、３万３５００人に避難勧告が出ています。

大分県では、中津市の耶馬溪町深瀬地区の１６世帯２７人に避難勧告が出されているほか、避難準備情報が豊後大野市の全域の１万６４００世帯３万８４００人、竹田市の全域の１万４６３世帯２万３１１４人、由布市の湯布院町の５２８４世帯１万８８０人に出されています。