データを扱うレポートには，
なお，
JavaScriptを使った可視化などは現在でもアクティブに開発が進められていて，
グラフを極める
前回までの記事で紹介しているように，ggplot2パッケージのグラフ出力などでも問題なく利用できます。
なおチャンクオプションfig.capによってグラフのキャプションを指定することができます。この場合，fig_caption: trueを指定することが必要です。
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output:
html_document:
fig_caption : true
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正弦波です。
```{r fig.cap="図1: 正弦波", echo=FALSE}
curve(sin(x), -10, 10)
```サンプル出力はこちらです。
また，fig.widthなどのチャンクオプションで指定します。
rglパッケージによるインタラクティブな3Dグラフ
多次元データを可視化したい時など，
Rでは{rgl}パッケージによって視点変換が可能なインタラクティブな3Dグラフを簡単に作成できます。さらにHTMLレポートではWebGLというOpenGLをブラウザ上で表示する技術により，{rgl}で作成したグラフをレポートに埋め込むことができます。
{rgl}のグラフを埋め込むには，knit_hooks$set(webgl = hook_webgl)としてフック関数を登録して，webgl=TRUEとしてフックを有効にします。
```{r setup, include=FALSE}
library(knitr)
library(rgl)
knit_hooks$set(webgl = hook_webgl)
```
# irisの3D可視化
グリグリできるよ〜〜
```{r, webgl=TRUE, echo=FALSE}
plot3d(iris[1:3], col=rainbow(3)[iris])
```サンプル出力はこちらです。
JavaScriptライブラリを用いたインタラクティブなグラフ
JavaScriptは暗黒の時代を乗り越え，D3.jsを中心として，
JavaScriptライブラリによる可視化のメリットとして，
ここではdygraphsライブラリを使うための{dygraphs}パッケージを紹介します。
# 時系列の可視化
表示幅など，インタラクティブに操作できます。
```{r, echo=FALSE}
library(dygraphs)
lungDeaths <- cbind(mdeaths, fdeaths)
dygraph(lungDeaths) %>%
dySeries("mdeaths", label = "Male") %>%
dySeries("fdeaths", label = "Female") %>%
dyOptions(stackedGraph = TRUE) %>%
dyRangeSelector(height = 20)
```サンプル出力はこちらです。是非グラフを操作してみてください。
RとJavaScriptを用いた可視化技術は現在，