自分は、画面レイアウトの作成にStoryboardを使っていますが、
１つのStoryboardにあれやこれやViewControllerを配置して、
繋げるようなことはしていません。

2、3画面ならいいのかもしれませんが、画面数が多すぎると見通しが悪くなり、
何より複数人で作業する場合は、 同時に同じStoryboardを触ることが出来ません。

なので、基本的に1ViewController = 1Storyboardで作っています。

しかしそうすると、画面遷移する際にコードでStoryboardからViewControllerを作って
新たに表示するという記述が必要になってきます。

新たにXcode7らStoryboard ReferenceというStoryboardに配置する用の オブジェクトが追加され、そちらにセグウェイをつなぐことで 別のStoryboardのViewControllerに遷移することが出来るようになりました。

もちろん遷移元のViewControllerにUnwind Segue用のIBActionを定義すれば
Storyboardを跨いで元の画面に戻ることが出来ます。