幻想郷。そこにある村で過ごしている少年、黒羽夜斗はとある出来事がきっかけで両親を失い、左腕が人外のものへと変貌した。この悪魔のような左腕を治す方法を聞くため、夜斗は博麗神社と呼ばれるところへ向かい、巫女に会いに行く。その旅先で夜斗は金髪の魔法使いと出会う。これは、夜斗が異変を解決しながら成長し、色んな人と人が繰り広げる温かくも時には残酷でちょっぴり笑えて泣ける―物語。