>2008Serverはパフォーマンスが良いと思っていたのですが、
完全な誤解だと思います。同じスペックのハードウェアで、特にスペックが低ければ低いほど 2003 の方がパフォーマンスが良いと思います。
後継 OS は、機能 UP を主眼に開発されますから、どうしても重くなります。重くなっても、ハードのスペックもどんどん上がっていくので、ハードのスペック以上に重くならない限り、操作性だの信頼性だののアップがあれば許される。パフォーマンスだけではなく、コストパフォーマンスで比較しないと・・・。
ただ、性能向上のために OS が肥大している部分もあるでしょうから、ハイスペックなサーバで高負荷状態でのベンチマークなら、2008の方が上の部分もあるかとは思います。