明確な回答は出来ないのですが・・・
Shell Foldersキー自体が互換性のため残されているだけで、User Shell Foldersキーを見る場合がほとんどなので実質的な影響はないように思いますので、以下のいずれかで対処してしまえばいいのかもしれません。

・Shell Foldersの値は気にしない
・DefaultプロファイルのShell Foldersキーを削除してしまう


どうしても気になるのであれば、
reg add "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders" /v "Desktop" /t REG_SZ /d %USERPROFILE%\Desktop /f >NUL
reg add "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders" /v "Favorites" /t REG_SZ /d %USERPROFILE%\Favorites /f >NUL
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のようなBATファイルを作成しておき、新規ユーザーを作成したときに実行するようにしておく方法もあるかもしれません。

チャブーンです。

どうしても、そのレジストリ値を元の値に戻したい、という場合、仕方ないので手動で直接元どおりにする、という方法はあるでしょう。

この場合、レジストリエディタのHKEY_USERSルートをクリックして、"ハイブの読み込み"から Default UserのNTUser.datハイブを読み込みます。そうすると Default UserのNTUser.datハイブを直接編集できますの、お望みの設定を行なって、最後に"ハイブのアンロード"で元どおりにしておけば、少なくともそのコンピュータ上の Default Userのレジストリ設定は、修正されるかと思いますよ。

OMEGA-Tさん、チャブーン＠さん
回答ありがとうございます。


実は、このShell Foldersに関しては、社内システムで使用しているリッチクライアントのアプリが、このキーの中のcacheのフォルダに、動作中のキャッシュフォルダを作るような動きをしておりまして、ただ、たった2人で社員全員分(約800人弱)のPCの手配をしております関係で、ユーザープロファイルをデフォルト化したPCで、均一に配る必要があります(手間を減らすため)。また、社内は2000ドメインを組んでいて、どのユーザーでもログオンできるようにしています。
そのため、ログオン後の値の変更はなかなか難しく、XPでは出ていない現象だったために、VISTAのデフォルト化の正しい手順があれば･･･という事で質問させて頂いていました。

マイクロソフトの運用するサイトなら、社員とか見てないかなぁ･･･と思ったりするんですけどね･･･

このサイトはMicrosoftが運営しているものの、回答者は全て一般の人でMicrosoftの社員が見ていたとしても公式に回答を出すことはないはずです。

・先ほどの回答１で示したBATファイルを、ポリシーのログオンスクリプトで実行するようにする
・Shell Folders中の各エントリ中の"C:\Documents and Settings\<プロファイルフォルダ名>"を%USERPROFILE%で置き換えてしまう(動作に支障がないか検証の必要があります)
・アプリケーションを変更して、User Shell Foldersを見るようにする(SHGetSpecialFolderPath → SHGetFolderPath ?)


自分が行うとすれば、上記のような方法で行うかもしれませんが、公式なMicrosoftの回答となるとMicrosoftの有償サポートになるのではないでしょうか。

また、一般的にはここよりも以下のほうがレベルが高いとは思いますので、こちらを閉め切って以下で質問してみる方法もあります。
http://www.microsoft.com/japan/communities/default.mspx
・TechNet フォーラム
・ニュース グループ

OMEGA-Tさん

たまに、マイクロソフト内で既に該当の対処方法が紹介されている場合に、運営スタッフっぽい方が何か教えている書き込みがあるようなので、少々期待したんですけど、甘かったようです･･･

実は、Shell Folders自体を%USERPROFILE%に置き換えるのは、一度やってみました。基本的に、効果はありませんでした。
また、administratorのShell Foldersを%USERPROFILE%にして、プロファイルをコピーしても、新規ユーザーでログオンすると、なぜかAdministratorに置き換わってしまいました。
アプリの方をいじる件に関しても、ちゃんとしたメーカーがいて、ライセンスを買っているため、社内的にもその線は無いなぁと言うムードです。
どちらかと言うと、私のいるチームにおいて、ハードやWindows周りの作業をしているので、他のソフト等にどこまで影響の出ることかが見えず、今回の調査となっています。

実は、前の書き込みのあと、検索しまくって、microsoftのサイト内で、以下の資料を見つけました。xmlだの、Windows System Image Managerだのが出てきていて、私には少々ハードルが高いんですが、いま、猛勉強している最中です。
(と言っても、事実上、ネット検索しかないんですけどね。)
http://support.microsoft.com/kb/959753/ja

とりあえず、教えて頂いたサイトのほうを眺めてみます。
そちらのほうがいいなぁと思ったら、こちらを終了することとします。

いろいろと教えて頂きましたが、いい解決方法は見つかりませんでした。

現在、別の方法を模索中につき、未解決でこの質問を閉じたいと思います。