SQL Server 2000 から導入された名前つきインスタンスを使用することで、WMSDE のインスタンスがインストールされた環境に対して、MSDEの既定のインスタンスをインストールし、それぞれ使用できます。
これはサポートされる構成です。

ご回答ありがとうございます。
同じマシンにインストールすることができることは理解できたのですが、サポートされることを示す資料などお持ちでしょうか？
もしあるようであれば教えていただけると助かります。

申し訳ありません。
サポートされることを示す資料は持ち合わせていませんが、以前WSUS導入に伴ってMSに問い合わせた際にサポートされる旨回答をいただきました。
その後、マシンも特に問題もなく動作しております。

サポートされる根拠はないと思います。参考資料として
【WSUS に使用するデータベースを選択する】　の所をよく読んでみてください。
http://www.microsoft.com/japan/technet/windowsserver/2003/library/wsus/wsusdeploymentguidetc/ace052df-74e7-4d6a-b5d4-f7911bb06b40.mspx?mfr=true

（以下、抜粋すると）
>各 WSUS サーバーには、固有のデータベースが必要です。環境内に複数の WSUS サーバーがある場合は、複数の WSUS データベースが必要となります。WSUS は、SQL Server を実行している 1 台のコンピュータで複数の WSUS データベースを使用することはできません。

>データベースの選択
>WSUS で使用できることが広範なテストによって確認されているオプションは、次の 3 つです。
（以下、抜粋）
Microsoft Windows SQL Server 2000 Desktop Engine (WMSDE)。WSUS に付属しています。これは、Windows Server 2003 を実行しているコンピュータに WSUS をインストールする場合のみ使用できます。

Microsoft SQL Server 2000 Desktop Engine (MSDE)。MSDE は、Windows 2000 を実行しているコンピュータに WSUS を インストールする場合に使用します。

Microsoft SQL Server 2000 。Microsoft が提供するフル機能のデータベース ソフトウェアです。WSUS には SQL Server 2000 Service Pack 3a が必要です。

ご回答ありがとうございました。