Winodws Vista Ultimateの情報ではないのですが、まず下記の
【ディスクの管理のトラブルシューティング】
http://technet2.microsoft.com/WindowsServer/ja/library/e0eae787-ed9b-439f-9c31-b93002075d501041.mspx?mfr=true
を参照してみてください。

>HDD：WDC10EACS-00ZJB （SATA接続）
なのですが、Winodws Vista のダイナミックディスクに対応したものか、製造元メーカーに問い合わせされたらいかがでしょうか。

EIDE(ATA)ハードディスク
SCSIハードディスク
ファイバチャンネルディスク
Ultra DMAディスク

はダイナミックディスク（ただし、Windows Server 2003の場合です。）に対応しているとある本に書いてありましたが・・・。

私の知識不足かもしれませんが、
どこかで読んだ記憶が。

ベーシックディスクをダイナミックディスクに変換する際、
OSの入っているディスクは、変換出来ない。

私の記憶違いかもしれません。
見当違いの投稿でしたらごめんなさい。

アクティブ ボリュームは、ダイナミック ディスクのシンプル ボリュームである必要がある。ただし、既存のダイナミック ボリュームをアクティブ ボリュームにすることはできない。

この際との小窓を開くと、ダイナミック　ボリュームの項で書いてあります。

私は２台のHDDをミラー化しているから、
シンプルボリュームなんですね？
OSが在りますから。

>「答えてねっと」のほうにも質問をあげてますが、全く回答がつかないため、
>こちらにも質問します。マルチポストで申し訳ございません。

基本的には、未解決で閉じればいいはずですが。
ポイントなしで回答がつかないため、ポイントつけて再質問するケースもありますので。
見ている人は「答えてねっと」のほうが圧倒的に多いのと、個人用途はやはり「答えてねっと」向けだと思われますが。

>ところが、再起動すると、スパンボリュームが３本ともにオフラインになってしまい
>再アクティブ化しようとするとエラーになってしまいます。

HDD関連で、安定性、信頼性に問題があって、オフラインになっているのを疑いますが。

とりあえず2本でやってみる。
それぞれのHDDをWD社の診断ツールで診断する。
マザボの問題か、必要な条件がないか確認する。
マザボのBIOSを更新する。
1,2,3本の状態で、安定性を確認する。電源容量不足など。
イベントビューアにエラー表示がないか確認する。
相性の問題などの場合、RAIDカードの導入を検討する。

あたりでしょうか。

・保留
Intel Matrix Storage Managerのバージョンを変えてみる。そもそもマザーボードにRAID機能がない。

　Vistaのバグと推測されます。2Tを超える容量(1T,750Gなら3台、500Gなら5台以上)でダイナミックディスクのスパン/ストライプボリュームを作成すると作成時には使用可能ですが、再起動後はオフラインになり再アクティブ不可能になります。
　サービスパック1を適用すれば解決しますが、適用前に作成したボリュームは再アクティブ化出来ませんので一度ベーシックディスクに戻すなりして再作成が必要です。
　サービスパックを適用したくない場合はお使いの環境(ICH9R)ではBIOSもしくはIntelユーティリティーでRAID構成が可能かと思いますので、RAIDボリュームを作成してベーシックディスクとして使用すれば一応可能です。この構成でもダイナミックディスクにしてしまうと同じ状態になりますので2TB以上のボリュームが必要な場合はGPTディスクにする必要があります。

＃先週のサービスパック提供直前までのWindowsUpdateでは解決しなかったので深刻なバグなわりにはマイナーなのかと思います。