もう少し具体的に記述していただけると突っ込んだ回答ができますが....
ＶＩＳＴＡでは標準のフォントが「メイリオ」となり、コードセットがJIS2004となります。
これはＸＰのコードセットMS932（≒JIS90）とは字形が変更された文字が１６７文字あります。
サーバ上にいろいろな過去資産（文書ファイル、業務データ）があり、今後導入されるＰＣの
ＯＳがＶＩＳＴＡとなるため、ＸＰとＶＩＳＴＡの混在環境となり、見た目の字形が異なることを
解消したいということでしょうか？
（JIS90で統一するとして）この場合の問題点は大きく分けると３つかと思います。
１．表示
ＭＳ製品、自作ソフト
→JIS90互換フォントでＯＫか？
→普通のフォントはＯＫ！
すべてのフォントファミリーに対応しているのではないので使用するフォントを
調べて可否を判断してください。
２．入力（★一番やっかいです★）
IMEなどでunicode入力されると簡単に第３・４水準文字（JIS2004）が
入力できてしまいます。
ＳＪＩＳしか入力を許さないように設定しても、手書き入力されると
第３・４水準文字がunicodeとして入力可能です。
この第３・４水準文字はサロゲートペアで１文字が４バイトで構成されます。
アプリケーションによってはうまく取り扱えません。
（ＭＳ製品でも未対応のものがあります）
２．出力
プリンタ、ＰＤＦ作成
→印刷はプリンタの内蔵フォントを使用すれば問題なし。
ＰＤＦ化は変換するマシンのフォントに依存する。
３．外字について
→外字の移行（XP→VISTA）は面倒。市販の専用ソフトを利用したほうが楽。
ただ、今後のシステムとして捉えるなら、過渡期の混在は仕方なしとして
第3・第4水準文字が使用できるJIS2004を使用することをお勧めしたいです。
といってもMS製品でもまだJIS2004に対応していないものもありますから
難しいですね。