パフォーマンスログと警告を使ってカウンタログを記録したらどうですか。
http://piyopiyoko.hp.infoseek.co.jp/2000Pro/trouble/paformance-log.html

Processor\%Processor Timeなら85%までといったところでしょうか。
http://www.microsoft.com/japan/technet/archive/prodtechnol/iis/iis4/maintain/monitor/qguide.mspx?mfr=true

説明不足で申し訳ありません。
パフォーマンスログと警告を使ってカウンタログを記録してます。
記録した結果、Processor\%Processor Timeで100％が頻繁に出ています。
この頻発している100％は、5秒間隔で記録していまして、100％を一瞬（１秒程度）記録しているのが一時間で30〜40回あります。所々で100％が５〜１０秒連なって出ています。
この状態というのは、一般的にあるマシン状態でしょうか？
また、\%Processor Timeを１時間間隔で平均して出力して、40％ぐらいでしたが、このように平均したときのしきい値はありますでしょうか？

平均したときのしきい値がいくらかというのは知りませんが、したのようなページ
によると個別に測定した制限値は75%〜90%までではないでしょうか。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc748731.aspx
http://premium.nikkeibp.co.jp/win2000/basic2/5/index3.shtml
http://www.windows-world.jp/special/-/123989.html

また、100%になるならどのプロセスが原因しているか調査が必要です。タスクマネージャでもある程度は分ります。
http://www.voice-com.net/news/winpfm/

教えていただきましたURL、特にwindows-worldが参考になりそうです。ありがとうございます。ちなみにwindows-worldでは、デフォルトパフォーマンスログ＋Processor Queue Lengthをカウンタとしてあげていますが、それ以外に取っておいたほうがよいカウンタはありますでしょうか？

Processor\% Processor Time以外では

System\Processor Queue Length
Processor\Interrupts/sec

位でよいと思います。