西暦２１６１年。 人工知能「ガーディアン」の暴走から１０年。 ようやく復興を遂げ、再び繁栄を迎えようとしていた地球圏をわずか数ヶ月の間に死滅させようとする恐るべき未知の勢力。 それは自らを「オーン・ファウスト」と名乗った。 「オーン・ファウスト」の圧倒的な力の前に、地球統合軍は為す術もなく壊滅。 いまや滅亡の危機迫る統合政府に、奇妙な報告がもたらされた。 かつて人工知能「ガーディアン」を生み出し、現在は地下深く、厳重に封印されている地球外文明の残骸「Vasteel」が、「オーン・ファウスト」の接近に伴い、これまでにない反応を見せているというのだ。 調査の結果によれば、それはある種の「警報」であり、断片的に解読されたその内容は驚くべきものだった。 「Vasteel」こそは、「オーン・ファウスト」と長らく交戦状態にある「銀河連邦」によって作り出された決戦兵器だったのだという。 無限に増殖を続け、宇宙を死と破壊で満たそうとする「オーン・ファウスト」を迎撃するためには、はるか外宇宙の連邦本星に救援の手を求めるしかないというのだ。 「オーン・ファウスト」の猛攻のさなか、封印を解かれ、新たな武装強化をされた新型機「フィニックス」が、再び宇宙を翔ぶ。 「Vasteel」の記憶素子に残された四つの宇宙座標のみを頼りに、地球人類にとって未だその実在すら定かではない、「銀河連邦」の本星を目指して…。