「防衛省組織改革の基本的考え方」の要旨は次の通り。

　【改革の目的】不祥事の再発防止のため抜本的組織改革を行う。文民統制を確保し、人材を有効に活用して自衛隊を積極的・効率的に機能させる。文官と自衛官はそれぞれ専門的知識や経験があり、内局、統合幕僚監部、各幕僚監部で両者が混在し、協働することが全体最適のために必要。

　【防衛政策局の機能強化】防衛省改革会議の報告書は官邸の司令塔機能を強化するため、官邸が安全保障戦略を策定することを提言。防衛省は官邸の戦略策定に寄与し、防衛政策を企画・立案、発信する機能を強化するため、次長クラスに自衛官を充て、自衛官の知見を直接反映する。

　【統合幕僚監部の機能強化】（１）基本的方向性　自衛隊を抑制的に管理し、防衛力整備を重視する時代から、不審船等への対処、国際平和協力活動など多様な役割を果たす自衛隊を的確に運用する時代に変化。運用企画局を廃止し、運用を一元的に担う新たな統幕を構築する。（２）運用企画局廃止　運用企画局と統幕の業務重複を解消し、一体的に業務を行えるよう同局を廃止。統幕が基本的に機能を担う。同局所掌の「自衛隊の行動の基本に関すること」は内局の所掌としない。統幕は自衛隊運用の企画・立案や他府省との連絡調整などを遂行。具体的業務は防衛政策局との関係を考慮し、決定。国会対応の在り方は今後検討。統幕の副長クラスに文官を充てる。

　【防衛力整備部門の一元化】省として統一的、効率的な防衛力整備事業等を行うため内局、各幕の防衛力整備部門を統合し、一元的に取り扱う新たな局を内局に設置。

　【人事、教育・訓練】統合幕僚学校など自衛官の教育の内容はバランスを重視する。