王国千年祭りの朝、主人公クロノはその日知りあった少女マールと一緒に千年祭を楽しんでいた。しかし、幼なじみの天才発明家ルッカが発明した転移装置の実験台となって時空の狭間に飲まれてしまい、たどり着いたのは魔物がはびこる中世の世界…。地球を救うため、時空を飛び越えた３人の冒険が始まった。１３年の時を経て、今再び「時」は動き出す！不朽の名作が待望のＤＳに登場！！